这是未能拯救牧濑红莉栖的β世界线。冈部伦太郎彻底崩溃，放弃了“凤凰院凶真”的中二人格，成为一个普普通通的大学生，试图在Labmem成员的陪伴下平静度日。时间来到2025年，世界爆发了第三次世界大战，起因是关于“时间机器”理论的争夺。此时的冈部伦太郎已经成为一名大学研究员，他参与了“阿玛迪斯”计划，这个计划将一个死去天才（红莉栖）的记忆和思维模式上传到了人工智能中。通过与这个AI红莉栖的交流，他得知了红莉栖生前正在进行一项关于“世界线变动率”的秘密研究。就在他犹豫是否要再次使用时间机器时，他收到了一条来自更遥远未来的视频邮件，视频里的自己眼神坚定，告诉他：“世界可以欺骗，甚至需要欺骗。启动‘命运石之门’计划。”
相比前作的狂气与热血，这一部更加压抑、深沉，充满了成年人的无奈与痛苦。对冈部伦太郎心理创伤的刻画入木三分。AI与人类的界限、绝望未来的反抗，都是极其深刻的哲学命题。最后的世界线变动瞬间，足以让所有粉丝为之泪目与沸腾。
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